李贽，初姓林，名载贽，后改姓李，名贽，字宏甫，号卓吾，别号温陵居士、百泉居士等，明嘉靖五年（1527年）生于福建泉州。六世祖林驽是泉州的巨商，地道的回教徒，航吴泛越，懋通有无。洪武十七年（1384年），发航西洋忽鲁模斯，娶“色目女”。在以后相当长的时间里，他的祖先仍保持着这种混血的家庭关系，并与伊斯兰教的信仰者往来。

史载，自宋以来泉州是一个异常繁华的商埠，明代施行海禁，强化了儒文化的种种教义，但依然不乏泛海经商者。到李贽的祖父辈，家道中落，经商海外的事情逐渐消失了。

李贽本人则从小在夫子和准夫子的教化下长大。

李贽的家族是林李同宗。五世祖林广齐，笃信道教，修了岳帝庙，并立下马碑，某御史的子侄过庙不下马，林广齐将其掀翻在地，惹下事端。御史趁林广齐进城，将林囚禁起来，族人破牢把他救出，御史便给林立下“谋反”的罪名，欲置他于死地。林广齐避祸至虎口，最后还是被杀了。自此，族人有姓林，也有改姓李的。

李贽小时候姓李，上学的名册上叫林载贽，后改姓李，因为这个“载”字犯了新皇帝朱载垕的讳，李载贽便成了李贽。

李贽出生不久，母亲去世了。他后来说，连自己也不知道是怎么长大的。

7岁随父亲白斋公“读书、歌诗、习礼文”。12岁作了一篇《老农老圃论》，把《论语》中所记樊迟问稼与子路过荷蓧丈人两件事并举，称千古不朽的圣人孔子为“上大人丘乙己”，带有调侃的意味。文章受到他的同学的赞赏，说林白斋有这样能言利口善于文辞的儿子，可以博取人间的富贵。

李贽自己却不以为然，认为这样的祝贺实在太鄙俗了，也不合他父亲的意愿。他说：“我父亲是什么人？身长七尺，目不苟视，虽然贫穷，但为了朋友的婚事，他可以从董母头上拔下簪珥。他的胸怀难道能够用世俗的标准去衡量吗？”

李贽的家庭确实不太富裕，他曾回忆自己年轻时的境况说：“自己弱冠（20岁）即糊口四方，无日不逐时事奔走，曾游学寄宿于一户人家，大雪三日，天寒地冻，无以为食，又饿又冻又困，主人哀怜不胜，煮小米食之，他信口大嚼，吃完再问主人，这是稻米饭吗？味道好极了。”主人告诉他，是小米，他之所以不辨稻粟，是因为太饿了的缘故。

尽管如此，李贽还是用着自己的聪明在学习他必须学习的课程。从小读《易经》，读《礼记》，后来又读了《尚书》，朱熹的传注读得他昏昏然，莫知所云。不能领会朱子的深心，他觉得奇怪，又觉得厌烦。20岁娶黄氏为妻，黄氏15岁。

六年后，李贽中得举人，在后来写成的《卓吾论略》中，他很得意地记叙了中举的经验：科举考试像儿戏，只是抄抄写写滥竽充数骗过主考官的眼目就行，主考官难道是一一懂得孔圣人的精蕴的？他将八股文中可爱好玩的挑选出来，每天读几篇，临场前背诵下五百篇，题目一出，就当一回誊录生，如此就高中了。

这似乎有点矫饰，正像他小时候作《老农老圃论》后的表演一样。

不过，李贽确实是别有心思的，这心思随着他不断成熟而日益明朗。

当时，他的目标却是解除家中燃眉之急，不能让父亲再去当叫花子一样的教书匠，弟妹要婚嫁。李贽不再耐心取得进士及第的资格，也可能是因为考试的地方太远，花费不起，李贽又不愿意借贷，便循例进入仕途。本意想在江南离家不远的地方随便混个差事，没有想到政府给他指派的却是远在万里的河南共城教谕。