万历三十年（1602年）初春，李贽带病完成《九正易因》后，身体愈来愈差。

二月五日，他写下了《遗言》。其实，八年前他已写过相当于《遗言》的《豫约》，除表达他凛然不可侵犯的人格独立与自由外，他还提到他的家族给他指定的继承人——他的一个侄子，“叫他勿假哭作好看，汝等亦决不可遣人报我死”。一种彻底的清净与决绝态度。在《遗言》中，他详细安排了自己充满异教意味的葬式。

但是，李贽还来不及庆幸自己晚景的平安，他曾经意料过的不幸的幸事却发生了。

在京师传说李贽著书丑诋大学士沈一贯时，礼部给事中张问达上疏劾奏李贽：

“李贽壮岁为官，晚年削发，近又刻《藏书》、《焚书》、《卓吾大德》等书，流行海内，惑乱人心。以吕不韦、李园为智谋，以李斯为才力，以冯道为吏隐，以卓文君为善择佳偶，以司马光论桑弘羊欺武帝为可笑，以秦始皇为千古一帝，以孔子之是非为不足据，狂诞悖戾，未易枚举，大都刺谬不经，不可不毁者也！尤可恨者，寄居麻城，肆行不简，与无良辈游于庵院，挟妓女，白昼同浴。勾引士人妻女入庵讲法，至有携衾枕而宿庵观者，一境如狂。又作《观音问》一书，所谓观音者，皆士人妻女也。后生小子，喜其猖狂放肆，相率煽惑，至于明劫人材，强搂人妇，同于禽兽而不之恤⋯⋯近闻李贽且移至通州，通州离都下仅四十里，倘一入都门，招致蛊惑，又为麻城之续。望敕礼部檄行通州地方官，将李贽解发原籍治罪，仍檄行两畿各省，将贽刊行各书，并搜简其家未刊者，尽行烧毁，毋令贻祸乱于后，世道幸甚！”

万历皇帝神宗朱翊钧看了张问达的疏奏后批示：“李贽应由锦衣卫（特务组织）捉拿治罪，他的著作应一律销毁。”

李贽在病中听到了马经纶家急促粗暴的敲门声，马经纶告诉他，来的是锦衣卫士。李贽翻身而起，大声说：“是为我也，为我取门片来！”然后躺在门板上，疾呼：“速行！我罪人也，不宜留。”

马经纶要求同行，李贽说，君是被朝廷弹劾驱逐的人，不能进京城，而且有老父在，需要奉养。马经纶说：“朝廷以先生为妖人，我藏妖人者也，死则俱死耳。”

马经纶不顾李贽与家中老小的阻拦，毅然跟随门板上的李贽，进京游说。

第二天，侍者将李贽从监中提出，抱入公堂，李贽躺在台阶上，回答“金吾”的询问。

“若何以妄著书？”

“罪人著书甚多，具在，于圣教有益无损！”与此同时，马经纶为李贽上书奔走于四处衙门中。但是，李贽终于倒在自刎的血泊中，时为万历三十年（1602年）三月。

金圣叹

我固非我也。未生已前，非我也；既去已后，又非我也。然则今虽犹尚暂在，实非我也。⋯⋯我而既已决非我矣，我如之何不听其或误，乃至或大误耶？