甲申年（1644年），华夏乾坤发生了天崩地裂的大变故。

人们在廊庙中已经习惯地膜拜了三百年的朱明王室，突然之间被一个陌生的姓氏——爱新觉罗的家族取代了。这个事件所产生的震动和骤变传感到本土上的每一个生灵。像圣叹一样的读书人，有一些带着残留的踌躇和抵牾做了新的朝臣；另一些人披发入山，駴駴如野人，终生不践故土；一些人操起戈矛，不再是“文人”。

第二年乙酉（1645年），清军南下。金圣叹身边大致发生过这些事情：

六月，清军派往苏州“安抚”的黄家鼐被明军溃兵所杀。三日后，清总兵土国宝汹汹而至。苏州士民惧怕报复，各书“顺民”二字于门，持羊酒迎候。

贝勒八王爷到苏州安民，舟过僧渡桥时，被“乱民”将桥栏石挤堕舟中压死。

清军下薙发令（强迫汉人剃发，装扮成满人模样），激起民变。福山副总兵鲁之玙起兵抗拒，四乡响应，响应者头缠白布，围苏州城。诸生陆世钥率师突入葑门，烧毁抚、按、府、长（长洲）、吴五署；鲁之玙率千人入城与清兵血战，道路践死者相枕藉。之玙战死，全军被歼。长洲人叶茂华等率先剃发，欲做顺民表率，被农民首领赤脚张三全部斩决。

清总兵土国宝屠苏州城。至饮马桥，忽见关公横刀立马桥头，土国宝率众跪拜，遂止屠城。

在这股巨大的旋涡之中，圣叹本人举动如何，差不多没有留下什么痕迹。可以知道的仅仅是：这一年他从一场重病中侥幸生还，在兵燹中又终于活了下来，也没有披发入山。同时可以肯定，最不可能发生的事情是：金圣叹竟然会在自家门首大书“顺民”二字，屈膝迎候满脸杀气的大清军兵。

他和当时众多的读书人一样，经历着一生中心理上最复杂最难堪的日子。这些心理过程或许有过书面的表现和记录，但今天已无法知道。乙酉年所留下的一首诗只是流露了劫后余生的隳颓：“西风不肯饶寒屋，旧病公然虐残躯。亲有几人兵甲后，哀怜到我候书俱。君臣辛苦无方药，奴竖荒唐荐老巫。如此纷纭欲图好，悬知不死只须臾。”

圣叹入清后改原名“喟”为“人瑞”（“人瑞”是圣叹从前借以应试的化名）。这是一种很明朗的语言：前人陶渊明由晋入宋时就曾改名，表明原名渊明的这个人，只能与旧朝相始终。入清后，金人瑞这个名字也再不曾进入清朝科考的考场——这又是一种很明朗的语言。

此后圣叹的十余年岁月，大抵都在专注而持久的著述生涯中消磨着。据后人的记载，圣叹在“明亡后，终日兀坐，以读书著述为务。年四十，黾勉著述，丹黄不辍，贯华堂中，书如獭祭。心血耗竭，白发星星矣。”（蔡丐因《清代七百名人传》）

金圣叹一生著述极富，经刻印出版或手钞流传的有：金批《水浒传》《西厢记》《杜诗解》《选批唐才子书》《才子书汇稿》《天下才子必读书》《西城风俗记》《沉吟楼诗选》等。而他的《内书》——学术著作的绝大部分，都已经遗失了。据清人蔡丐因述，他平生极精于《易》，曾“讲《易》乾坤两卦，多至数十万言，秘不示人。”