1661年，24岁的福临晏驾了。
他的儿子，一位将要在皇权专制历史上建立煊赫功业的君主——玄烨接替了他，大清国的国运将由此而昌。但对于金圣叹来说，这次变故却简直使他面对着生命旅途的尽头。
二月初一日，布告世祖薨逝的哀诏至苏州，抚臣朱国治等人于府堂设幕，哭临三日。三天之后，这座官设的灵堂成了一场大风波的现场。
一年前，苏州新任县令任维初到任，以酷刑催纳钱粮。逋欠者即使仅欠金三星，也要遭受用浸透尿液的大竹片痛责二十的严惩。不数日，就有一人死于杖下。合邑之民无不股栗。
又是任维初，在常平官仓内每石仓米中扣除七升三合归入私囊。再把公然行窃所得的三千石粮食责成仓总吴之行转卖给本来就是这些粮食的主人的苏州百姓。当时就连三尺孩童也对县署的最高行政长官怀着深刻的仇恨。
当苏州县令在大竹片下用县民的膏血填肥自己的时候，江苏抚臣朱国治正在江南各郡大兴“奏销案”。
顺治十六年（1659年），朱国治莅江苏巡抚任。这年苏郡大荒，而朱抚臣催逼钱粮之置人死地更甚于天灾，朱因此而被呼为“朱白地”（意为凡朱所到之处，万物灭绝，只留白茫茫大地）。朱开列江南绅衿（地主、乡宦和在学生员）欠粮者名册凡一万三千人，无论欠数多寡，一概奏请黜落功名，降为庶人，同时发回地方枷责。锒铛桎梏，徒步于黄尘赤日之中。这就是所谓“奏销案”。某探花因欠一文钱，同样不免于难，故当时有“探花不值一文钱”的民谣。
于是，辛丑（1661年）二月初四日这一天，苏州一百多名生员聚集在文庙哭奠刚刚去世的清世祖。
这显然是一次经过组织和策划的行动。
有人敲响了文庙里聚众的钟鼓，随之秀才们高举着事先拟好的揭帖——相当于控告书，拥至苏州府堂，公请驱逐县令任维初。
府衙里集中着前来哭临的府县各级官员，其中有抚臣朱国治、按臣张凤起、道臣王纪。当官员们正接受揭帖的时候，钟鼓声中竟有一千余人呼啸踊跃而来，府衙门外如水如潮，如火如荼。朱国治惊愕仓皇之下，大叫抓人。人们逃散了，留下十一名被擒获的肇事者。
任维初与十一名被捕者一道接受了审讯。
但抚臣朱国治并没有成为受审者而是当然地担任着决定生杀予夺的审判官。审讯主持人王纪所录下的口供经过朱国治的涂改后，哭庙诸生被坐成三条重大罪状：第一，震惊先帝之灵；第二，声言要扛打朝廷命官，目无当今；第三，写匿名揭帖的行为本身是触犯本朝律令的。
这就是当时立即被定为九起“通海大案”之一的江南哭庙案。
四月初三日，案子移至江宁会审。朱国治再把两名平日与自己有嫌隙的地方官员株连入案：病归故里的吏部官顾予咸、苏州府学教授程翼苍。哭庙时掌管文庙钥匙的程翼苍于是又供出了两名与事者的首要成员。
两人中的一人是当时55岁的金人瑞。是他亲手击响了文庙的钟鼓。他草拟了哀悼顺治的哭庙文。
他一定是气概凛然、当仁不让地走向钟鼓楼的。
在哭庙文中他又会写进些什么呢？
由于顺治的猝然逝世，这位苏州的老秀才在几个月的时间里先后经历了尽在眼前的希望和接踵而至的绝望，他会把自己感慨难言的情绪写入恸哭已故皇上的声泪里。
入春春望转萧条，龙卧春寒不自聊。正怨灵修能浩荡，忽传虞舜撤箫韶。《凌云》更望何人读，《封禅》无如连夜烧。白发满头吾甚矣，还余几日作渔樵。
这首诗正写在顺治晏驾的噩耗传来后、哭庙案发生的前夕。作者要把让他受了一辈子讥讪鄙薄、而最终又使他得到最高褒奖的心爱的文章决然焚毁了。
英明天纵的先帝的不幸早逝，感应得天地昏暗，在不辨清浊的混沌世界中，还能靠谁代表皇天后土去惩罚像任维初这样的“公人”呢？金圣叹会把自己平生对高俅殷天锡的同类的仇恨怨毒写进悼文中。在与同乡们群情激愤地议论到任维初所搜刮私肥的三千石公粮时，他会不会回忆起早年读到《水浒传》中“宋江抄扎慕容知府家私分俵众军”时，自己曾对那来历不光彩的私财表示过愤懑：“一知府家私乃至可俵众军，则亦不可不抄扎也？”会不会想到读李逵打死欺侮善良的殷天锡时，自己所爆发的无穷快意：“何等快便，何等条直！拦驾告状，何为也哉？”
金圣叹当然不会想到自己最后竟会死在万不得已而“拦驾告状”的行列中。
江宁会审判决：哭庙案犯八名倪用宾、沈玥、顾伟业、丁澜、金人瑞、王重瑞、薛尔张、姚刚斩决，家产籍没，妻子流徙黑龙江宁古塔，其余张韩等十人斩决。
这是处分此类案子罕见的重典。
明清之际，读书人聚众生事，屡见于史。明末复社领袖张溥、张采，曾率众驱逐邑中掌文教官员顾秉谦，事与哭庙案相仿，未受到任何追究。
哭庙案的严重性质在于：案发这一年，清政权在沿海还存在一个政治军事上的肘腋之患——郑成功。
顺治十六年（1659年），军势大盛的郑成功、张煌言率军北伐，连克数郡，直指南京，惊得顺治几欲退回关外。顺治十七年（1660年），哭庙的前一年，郑成功迎击进攻厦门的清军，清军惨败，自此无人敢言进攻郑成功。有人向清廷献进剿方略，认为郑据“金夏两岛，弹丸之区，得延至今日而抗拒者，实由沿海人民走险，粮饷、油铁、桅船之物，靡不接济。”于是次年，清政府下令禁海。“通海”成为最为敏感的一个概念。
哭庙案正是当时九起“通海大案”之一。
此案又称为吴县抗粮案，吴民对任维初的仇恨被同对催征钱粮的抗拒联系在一起，而抗纳钱粮实际上起着阻挠清军南下的作用，并造成通济“海匪”的嫌疑。“看得军饷之难完，皆由苏属之抗纳，而吴县为尤甚。新令任维初，目击旧官皆以未完（钱粮）降革，遂行严比，以顾考成。”（朱国治奏章）朱国治心明如镜：要开脱任维初并置哭庙诸人于死地，只要使罪名关涉到抗粮就足够了。
据载，朱国治对金人瑞又有私怨，这可能是江宁会审后才被供出来的金圣叹霍然升格为首要案犯的重要原因。金圣叹曾作“十弗见”之文，对巡抚意含影射，因而“抚院朱，性忌刻，必欲杀金等而后快”。不过，不必为这致命的偶然弄笔抱太大的惋惜，因为不喜贵人乃是金圣叹其人的素性：“人瑞遇贵人，则嬉笑怒骂以为快，以是大吏颇憾之！”（《清代七百名人传》）
金圣叹罹祸，对此等事期待已久的道学家们不出意外地步出来了，入情入理地指出圣叹之终不免杀身之祸乃是由于批点淫书、盗书。于是有人把金圣叹的被捕描写成在劫难逃：
国初诸生金圣叹⋯⋯哭文庙，构成狱，避匿僻所，卜满百日，可脱灾。及三月定稿，仅欠一日，以为幸免矣。闷郁已久，暮稍出探巷口，旧门斗过贺曰：“相公幸甚，案定不追。但我拖累艰苦，须为压惊。”旋为访拿，抵案陷辟，正落百日之厄。
指某事为在劫难逃是前代沿袭的老骗术，但金圣叹曾避祸的事却在情理之中。“金圣叹愤时傲世，⋯⋯遇理所不可事，则又慷慨激昂不计利害，直前蹈之。”哭庙时他诚然是抱定正义的情感，直到得到自己必死的消息时他仍认定自己是无辜的。在最后留下的家书里写道：“杀头，至痛也！籍没，至惨也！而圣叹以无意得之，不亦异乎？”
“不亦异乎”，也就是“岂非咄咄怪事”的委婉说法。
死刑执行于顺治十八年（1661年）七月十三日，江宁三山街。
据说圣叹就死时极为从容，一毫不失平时大智若愚的嘲谑风度。“金临刑时，其子泣送之。金曰：有一对尔属之：莲子心中苦(莲怜借音巧合)。子方悲痛，久而未答。金曰：痴儿，是何足悲乎。吾代尔对：梨（离）儿腹内酸。”
金圣叹生平嘲人多多，调侃过他坐馆的主人家，调侃过学官、衙役，终于把最后的幽默和超然留给了自己。
金圣叹同哭庙案被难者有“十八人祠”，在苏州阳山。立祠的人们因惧祸，诡称为马王庙。
金圣叹之墓，在苏州五峰山下博士坞。至今犹在，但已湮没无闻。
读金圣叹《西厢序》：“若夫后之人虽不见我，而大思我，是不可以无所赠之⋯⋯后之人必好读书，读书者必仗光明，我请得为光明以照耀其书！”仿佛听得见辽远的宇宙中传来的一声重浊的喟叹。
八大山人
山人果颠也乎哉？何其笔墨雄豪也？余尝阅山人诗画，大有唐、宋人气魄。至于书法，则脱骨于晋、魏矣。问其乡人，皆曰得之醉后。呜呼！其醉可及也，其颠不可及也。
——（清）陈鼎《八大山人传》